『LINE ポコポコ』の基本的なルールは次の通り。
・3つ以上同じ絵柄のブロックをつなげることでブロックを消せる
・４つつなげるとその絵柄のやじるし爆弾が出現。やじるし爆弾を含めてつなげて消すと、矢印の方向のブロックが一列消える
・T字かL字に絵柄をつなげるとダブル爆弾生成。ダブル爆弾は周りのブロックを2回爆発させる
・絵柄を縦か横に5つつなげるとレインボー爆弾生成。消したい色に合わせると、その色ブロックがすべて消える
・爆弾と爆弾同士をつなげると、特別な爆発が起こる。爆発の起点は爆弾を移動した後の位置になる（→『LINE ポコポコ』攻略【爆弾と爆弾をつなげた時の効果一覧（動画あり）】）
・りんごの隣でブロックを消すと、りんごも消えて、りんごに表示された数字だけ動かせる回数が増える（ステージ2から登場）
・石版のマスでブロックを消すと、石版は消える（ステージ4から登場）。石版を消すと2回目の石版群（ステージ27から登場）、さらに3回目の石版群（ステージ100から登場）が出てくるステージも
・おじゃまな草は、周りの動物ブロックをそろえると削除できる（ステージ14から登場）
・動かせる回数ではなく、左から溶岩が迫ってくるステージもある（ステージ9から）
・動かせる回数ではなく、時間に制限のあるステージもある（ステージ30から）。落下中もブロックは動かせるので、それを利用して時間短縮する
・隣接地域のブロックを消さないと広がる池のあるステージもある（ステージ56から）。池は岩や爆弾は飲み込まないように広がる
・爆弾でひびを入れないと壊せない岩のあるステージもある（ステージ86から）
・黒弾は爆弾で赤くしてから、さらに隣接地点でブロックを消すと周囲1マスをまきこんで爆発します。また、赤くなった黒弾を消した時に、隣に黒いままの黒弾があると、爆風を受けて赤くなります（ステージ116から）
・ダイナマイトは同じ色のブロックとマッチさせて消すとりんごに変化するものの、数字がゼロになるとゲームオーバーになります（ステージ146から）
・ステージ12までクリアすると、24時間に1回だけ、たくさんチェリーを獲得できるチェリーステージに参加できる。周辺のおじゃま草のマスにチェリーが隠れている。その後の脇道にある宝箱も同じチェリーステージ。チェリーステージでは白花をとっても、トータル白花数にはカウントされない。
・エリア9のEXステージを抜けると、ダイヤ箱を開けられるようになる。ダイヤ箱からはダイヤ1個が手に入り、48時間経つと、再度開けられるようになる
▼その他
・ステージに挑むためのクローバーは最大5つまで、30分に1つ自動回復する
・ステージを高得点でクリアしてもらえる花を10個集めるごとに銅→銀→金→銅→……とランクアップ。ランクアップでダイヤ2個をもらえる
・エリアすべて（サブステージ除く）で白花をもらうと、同じステージでさらに高得点をとるともらえる星花に挑戦できる
・フレンドポイントは友だちにクローバーを送ると1ポイント（1人当たり12時間に1回だけ）、おねだりして送信してもらうと15ポイントもらえる
・次のエリアに進む扉は、フレンドポイントもしくは前のエリアの花、ダイヤを使用して開ける
・32-1～3や49-1～4などのサブステージは通常ステージより難しいので、すぐにクリアできなければ後回しにして進んだほうがいい
・メッセージを保管できるのは24時間だけ。過ぎると消える
・所持制限はダイヤはなし、チェリーは838万8607チェリー、クローバーは3万2767個、フレンドポイントは32767ポイント
