レベル20になるとボスバトルをプレイできる。通常プレイ中に現れる鍵ブロックを下まで落とすことで手に入る鍵を集めることで、ボスバトルに挑戦できる。鍵は最大30個まで持てる。
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クル、ベチ、ホラッ、クレイ、カッパードの5匹のボスがいる。5月28日アップデートでドド、マミオ、マルベス、クロセル、ゼロの5匹が追加。
ボスバトルでは自分の動物に加えて、3匹のお助け動物を召喚して戦える。「魅惑の動物（銅中心）」なら3000チェリー、「伝説の動物（銀中心）」なら7ダイヤ。
ボスバトルは65秒。使えるアイテムは上の段の4種類のみ。また、アップグレードは1レベルに固定となっている。
ボスモンスターに与えたダメージは次のバトル以降にも引き継がれる。ボスバトルに勝つと、ボスモンスターを仲間にして、4つ目の拡張枠に入れられる。ただし、4つ目の拡張枠の開放には70ダイヤが必要。
動物を最下段まで落とすとサンダーブロックが登場し、クリックするとボスにダメージを与えられる。そのため、すべての動物を確実に最下段に落とすことがコツ。現れるサンダーブロックは動物を落とすごとに増えていき、7匹目を落とすと画面中がサンダーブロックになる。
また、チェリー、ダイヤ、召喚券、鍵のブロックも出現する。
▼クル戦
戦うために必要な鍵の数は2つ。石のブロック攻撃をしてくる。
▼ベチ戦
戦うために必要な鍵の数は3つ。氷のブロック攻撃をしてくる。
▼ホラッ戦
戦うために必要な鍵の数は4つ。石のブロック攻撃をしてくる。
▼クレイ戦
戦うために必要な鍵の数は4つ。氷のブロック攻撃をしてくる。
